本刊为中文核心期刊,曾获国家级优秀科技期刊三等奖,中国科学院优秀科技期刊三等奖,并在新闻出版署设立的“中国期刊方阵”中被列为“双效”期刊。
据中国科学技术信息研究所信息统计,本刊2012、2013、2014、2015、2016年以国内“微生物、病毒学类”期刊中综合评价总分第一名而连续获得“百种中国杰出学术期刊奖”,并入选300种“中国精品科技期刊”,成为“中国精品科技期刊顶尖学术论文(F5000)”项目来源期刊。《微生物学通报》2014-2016年进入中国科学院期刊排行榜;2015年获得中国科协精品科技期刊工程项目资助。
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